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1.1 Missions du Service d'Informatique Scientifique

1.
Accès aux données et aux logiciels

Avec le rôle déterminant qu'occupe désormais l'informatique dans la recherche en biologie moléculaire, il est indispensable de procurer aux 1 200 chercheurs de l'Institut et aux ingénieurs et techniciens qui travaillent avec eux (2 743 personnes au total) l'accès aux banques de données les plus à jour et au choix de programmes d'analyse le plus vaste. Ces données et ces programmes constituent un environnement de travail chaque jour plus complexe et plus volumineux : le maintenir à jour nécessite une veille scientifique et technologique active en direction de ce domaine de recherche bouillonnant. Il faut aussi des procédures automatiques de transfert de données ; la taille considérable des banques et le fait qu'elle double chaque année imposent le recours à des méthodes perfectionnées et à des moyens techniques importants.

2.
Rapprocher les moyens informatiques des utilisateurs

Permettre aux chercheurs d'utiliser l'environnement de logiciels et de données évoqué ci-dessus suppose une activité de formation permanente et de documentation, consacrée tant aux outils informatiques en général qu'aux logiciels biologiques et aux travaux théoriques qui en constituent le fondement. Il faut aussi développer pour les logiciels les interfaces qui les rendront utilisables par un être humain non informaticien et dont ils sont souvent dépourvus.

3.
Recherche et développement

La création de logiciels destinés à la biologie moléculaire n'est pas achevée, c'est un domaine de recherche vivant dont il n'est pas envisageable que l'Institut Pasteur soit absent. La recherche de nouveaux algorithmes et le développement des logiciels qui les mettent en \oeuvre sont des activités indispensables.

Pour créer des algorithmes et des logiciels pertinents pour la biologie il faut des compétences au confluent de trois disciplines : le compréhension du problème biologique relève... de la biologie. La création d'un algorithme passe par la modélisation mathématique du problème, ce qui selon les cas peut faire appel à l'analyse combinatoire, au calcul de probabilités, aux statistiques ou à d'autres disciplines. Le passage du modèle à l'algorithme puis au programme, c'est de l'informatique. On a longtemps voulu croire que lorsqu'on avait le modèle mathématique l'algorithme puis le programme étaient faciles à dériver : eh bien non.

4.
Enseignement

La recherche en algorithmique biologique et le développement de logiciels destinés aux biologistes demandent des compétences en informatique et en biologie, dualité que ne procurent pas les formations universitaires classiques. Pour pallier cette absence il convient de former des informaticiens à la biologie, ou des biologistes à l'informatique. Il était plus conforme à la nature de l'Institut Pasteur de s'engager dans la seconde de ces voies en ouvrant un cours fondamental d'informatique en biologie, dont les étudiants devraient pouvoir s'attaquer à la création des logiciels de demain (ce qui diffère de l'objectif des formations à l'usage des logiciels évoquées plus haut).

5.
Aide au réseau international

Le SIS fournit à nos collègues des Instituts Pasteur et associés du réseau international une assistance technique dans les domaines de l'informatique et de l'Internet. 22 Instituts répartis sur les cinq continents constituent un réseau qui est une des particularités de la communauté pasteurienne, et ils ont eux aussi des aspirations à développer leur informatique et leur accès à l'Internet, vital pour surmonter les difficultés dues à l'éloignement géographique.

6.
Système et réseau

Aucune des missions du Service d'Informatique Scientifique évoquée ci-dessus ne pourrait être accomplie sans des ordinateurs et un réseau qui marchent bien. Cela va sans dire, mais les non-spécialistes ont souvent tendance à sous-estimer la difficulté qu'il y a à satisfaire cette condition. En 1991 il n'y avait pas de réseau à l'Institut Pasteur et les ordinateurs ne correspondaient plus aux attentes des chercheurs. Il a fallu concevoir une nouvelle architecture de calcul et la mettre en \oeuvre, ce qui n'a pas été simple.

Pour clore cette brève évocation des thèmes qui seront développés au long de ce document, j'ajouterai qu'une des originalités (et, je crois, des qualités) du Service d'Informatique Scientifique de l'Institut Pasteur est qu'il réunit en son sein des compétences qui couvrent pratiquement toutes les disciplines de l'informatique. Il serait présomptueux de prétendre qu'une équipe de quinze personnes est à la pointe dans tous les domaines, mais disons plutôt que tout problème informatique qui nous serait soumis trouvera au moins un membre de l'équipe capable de s'y attaquer. De plus nous comptons dans nos rangs plusieurs biologistes. Et cette diversité est indispensable à notre mission : pour développer un logiciel utile aux biologistes, il faut connaître de la biologie, il faut créer des algorithmes, il faut imaginer des interfaces qui les rendent utilisables par des « non-informaticiens ». Enfin pour que le logiciel soit efficace, adaptable à différents environnements, robuste, facile à installer, en un mot utilisable par un humain distinct de l'auteur et de ses camarades de bureau, il faut de solides connaissances en système. Quant aux spécialistes de système et réseau, travailler avec leurs collègues plus tournés vers les applications enrichit leurs contacts avec les utilisateurs et leur vision de la recherche pasteurienne. Voilà pourquoi l'informatique ne saurait sans dommage être trop découpée en tranches.


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