3.1 Logiciels créés à l'Institut Pasteur

Développer des logiciels biologiques ou aider les biologistes à en développer est une des raisons d'être du SIS. Dans le déroulement chronologique des choses l'urgence a donné la priorité à l'installation des infrastructures de système et réseau, aussi le développement est-il une activité d'une importance encore insuffisante. Mais les premiers résultats existent. Il convient de noter que le développement de certains des logiciels énumérés ci-dessous a commencé avant que leur auteur ne rejoigne l'Institut Pasteur.

• Satellites est un logiciel de recherche de satellites écrit par Gene Myers et Marie-France Sagot (voir chapitre 6) ;

• CDS est un logiciel de recherche de régions codantes écrit par Frédéric Chauveau ;

• Flinqs est un logiciel de recherche de « linkers In Query Sequence » écrit par Nicolas Joly ;

• Html4blast est un logiciel d'analyse et de présentation des résultats de Blast écrit par Nicolas Joly ;

• Pise est un logiciel de génération d'interfaces Web pour les logiciels biologiques écrit par Catherine Letondal ;

• VeryfastDNAml est une version de fastDNAml parallélisée avec le paquetage TreadMarks de l'université Rice, écrite par Denis Beaumont pendant un stage au SIS.