Pour répondre à ces attentes la Direction Scientifique de l'Institut Pasteur avait mis en place une Commission d'Informatique Scientifique réunissant informaticiens et chercheurs dans une réflexion commune. Durant l'année 1991, précédant la réorganisation, la Commission s'est réunie quatre fois, a mis sur pied une enquête par questionnaire auprès des utilisateurs et a envisagé les premiers investissements à réaliser. Elle a permis de réunir des informations indispensables pour fixer les premières orientations du SIS, et depuis elle a continué à jouer ce rôle de conseil et d'orientation au cours de huit réunions sous la présidence de François Rougeon, puis de Stewart Cole.