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3.2.3 Génération des différents formats

Les principaux formats pour les banques seront générés localement par la procédure automatique à partir du format plat propre à chaque banque. Pour ce faire, nous avons développé une panoplie de traducteurs de formats plats (un par type de banque) vers le format Fasta standard.

Les formats Blast et Blast2 sont générés à partir du format Fasta par les programmes distribués avec les logiciels Blast.

Le paquetage Gcg fournit des formateurs qui sont utilisés pour traduire le format plat en format Gcg. Pour assurer la mise à jour de tables de noms logiques propres à Gcg, nous avons adjoint une procédure spéciale qui recalcule ces tables à chaque fois que le format Gcg est refait pour une banque.

Nous avons écrit un traducteur qui produit le format Staden/Efetch à partir des données du format plat. Ce format Efetch est très utile pour accéder aux séquences à partir des résultats d'une recherche de similarité dans les banques par exemple.

Le format Acnuc est créé avec les outils du logiciel Acnuc, à partir du format plat de la banque.

Tous les outils ici référencés sont gérés par la procédure automatique à laquelle on peut rajouter tout générateur de formats, si nécessaire.


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