Le logiciel qui déclenche le clonage doit pratiquer un démontage du système de fichier, puis le cloner et le remonter. Tout programme utilisateur faisant accès aux données du clone à ce moment-là empêche ce processus de s'exécuter. Parmi les options possibles, on peut décréter que la mise à jour des banques est prioritaire, décider d'arrêter tout programme utilisateur et procéder au clonage. Une autre option serait de mettre le processus de clonage en attente de la libération du système de fichier, et de cloner quand il se libère. Actuellement, nous avons pris l'option de ne pas cloner si un programme fonctionne et d'attendre la prochaine mise à jour du lendemain. Par expérience, il est bien rare qu'un même programme bloque 2 fois de suite le clonage.
On voit que la limitation du processus de clonage est qu'il faut qu'il existe un créneau de 5 minutes par 24 heures, pendant lequel la banque qu'on met à jour soit relâchée par tous les utilisateurs simultanément. Si par saturation, ce moment n'existait pas, il faudrait peut-être en créer un arbitrairement, en décrétant qu'à telle heure, on doit pouvoir cloner les banques, en arrêtant les programmes. Si l'on imagine ce que serait ce même problème, de copier une partition de travail dans une partition utilisateur sans clonage entre elles, on serait aussi confronté au problème de faire une copie cohérente à un moment donné, donc d'arrêter tous les accès à la partition utilisateur pendant la recopie qui, dans ce cas, est une copie intégrale, dont la durée va certainement avoisiner la demi-heure.