next up previous contents
Next: 6.2 Recherche (individuelle et Up: 6. Recherche en biologie Previous: 6. Recherche en biologie

6.1 Introduction

Mon travail de recherche se situe dans le cadre de ce que l'on peut appeler la biologie moléculaire informatique. Les activités en cours ou proposées pour les prochaines années portent, d'un côté sur des extensions importantes de problèmes, à la fois algorithmiques et d'applications à certains cas biologiques, traités lors de ma thèse ou abordés dans des deux années qui ont suivi et, d'un autre côté, sur des développements nouveaux. Ces activités concernent quatre grands axes de recherche : l'extraction de motifs simples ou structurés (c'est-à-dire, comportant une contrainte supplémentaire de distance, et éventuellement de corrélation, par rapport à d'autres motifs ou occurrences de motifs), cela dans une ou plusieurs séquences génomiques, les structures d'ARN et d'ADN, les séquences et structures de protéines et la phylogénie.

Il est important qu'il y ait interaction constante entre les diverses communautés impliquées dans ce domaine : biologistes, informaticiens, mathématiciens et statisticiens. Cette interaction se fera à deux niveaux. Le premier porte sur le travail de recherche réalisé en commun sur des thèmes bien ciblés. Recherche (individuelle ou en collaboration) sont le sujet de la section 6.2.

Le second niveau d'interaction concerne la diffusion des connaissances et un travail de liaison entre ces diverses communautés. Ces aspects sont essentiels et se présentent sous deux formes : la mise en place d'outils d'analyse informatique appliqués à la biologie et l'organisation et animation de séminaires et de groupes de travail. La première activité est indispensable pour que biologistes et algorithmiciens puissent effectivement dialoguer. Un algorithme qui tourne est, en effet, un instrument de réflexion commune et de nécessaire remise en cause permanente des modèles sur lesquels il s'appuie.

Par ailleurs, l'organisation de séminaires doit permettre, à la fois de rassembler les divers groupes et individus isolés travaillant dans le domaine de la biologie moléculaire informatique en France, et de renforcer des liens vers des groupes équivalents, européens en particulier. Ces séminaires doivent également favoriser la création de petits groupes de travail autour de thèmes plus précis. Mise en place d'outils et diffusion des connaissances sont le sujet de la section 6.3.

Enfin, une dernière mission importante concerne la formation de nouveaux chercheurs. Cet aspect est développé dans la section 6.4.


next up previous contents
Next: 6.2 Recherche (individuelle et Up: 6. Recherche en biologie Previous: 6. Recherche en biologie