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6.2.3 Phylogénie

Deux thèmes sont concernés ici, tous deux de nature au départ plus algorithmique.

Le problème de l'introduction d'une métrique phylogénétique dans l'inférence de motifs : Les métriques de similarité habituellement utilisées afin d'extraire les facteurs conservés d'un ensemble de séquences (ou d'une seule) peuvent, d'après mon expérience, ne pas représenter une mesure adéquate de la « ressemblance », de la même façon que le calcul du score d'un alignement global selon l'approche « Somme des paires » fournit un résultat qui est, en général, moins intéressant que celui obtenu en suivant l'approche « Somme selon un arbre ». Je souhaite donc explorer l'idée d'une mesure de similarité ayant pour base une métrique phylogénétique, cela dans le cadre de l'inférence de motifs (travail initié avec un stagiaire de DEA, Mars à Septembre 1998).

Réarrangements dans les génomes : En termes algorithmiques, une grande attention a été récemment accordée aux mutations apparaissant au niveau du chromosome (transpositions) ou du génome (duplications, inversions, recombinaisons) et qui exercent un rôle fondamental dans l'évolution d'un organisme. Ce travail doit être conduit dans le cadre du projet France/Brésil mentionné plus haut. Il fera pendant à la recherche (dans le sens d'extraction) de tels événements mutationnels.


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