ISSN 2271-3905
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Cette rubrique regroupe des articles et des documents de travail à l’intention des auditeurs du cursus de Bioinformatique du CNAM (principalement, cours BNF 103), ainsi bien sûr que de tout lecteur intéressé par la bioinformatique.
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L’article précédent nous avait permis de lire une banque de séquences biologiques au format FASTA, en introduisant à cette occasion l’instruction match et quelques subtilités de la possession, du prêt et de l’emprunt de valeurs. Celui d’avant nous avait donné l’algorithme de Needleman et Wunsch (…)
Mon article précédent consacré à Rust donne une version de l’algorithme classique de Needleman et Wunsch pour l’alignement de séquences biologiques : chacune des séquences est enregistrée dans un fichier FASTA, le programme lit les deux fichiers et calcule le score de similitude en fonction des (…)
C’est une petite banque de séquences extraites de génomes d’orchidées :
>gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533 C.irapeanum 5.8S rRNA gene and ITS1 and ITS2 DNA CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGATGAGACCGTGGAATAAACGATCGAGTG (…)